计算机系统结构实验室成立于2010年，主要承担单片机实验课程、计算机组成原理实验课程、微机原理与接口技术实验课程和嵌入式系统实验课程的教学任务。实验室面积80余平方米，拥有高性能电脑20台，高级单片机实验箱20套，计算机组成原理实验箱20套，微机原理与接口技术实验箱20套，嵌入式系统实验箱15套。每学年开出实验项目数达60多项。
所有实验箱都是由全铝合金箱体、高性能稳压电源、系统控制部件、开放式实验电路区等组成。全部实验用信号线的连接采用排线，操作方便，接触可靠。基础实验基于中小规模集成电路，综合性实验基于在系统可编程核心器件，资源完全向学生开放。创新拓展型实验电路用独立模块外接扩展方式实现，既兼顾演示验证性实验、又考虑到综合设计和创新研究性实验的需要。
实验室所开设的课程覆盖应用开发、中间件开发、系统移植、综合项目案例等多层次内容。同时采用独有的项目化案例教学方法，让课程资源更加丰富，教学内容更加形象生动。
